学校起源于1948年成立的中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校。七十余年来，学校始终坚持社会主义办学方向，落实立德树人的根本任务，秉承“以生为本，立德树人”的办学理念，“笃学求真，懿德善能”的校训，以服务国家战略需求、推动社会进步为使命，扎根中国大地办教育，积累了丰富的办学经验，办学水平和人才培养质量得到社会的广泛认可，为国家和社会培养了十五余万名优秀医药卫生人才。

重庆医药高等专科学校是经教育部批准设立的公办全日制普通高等专科学校，是国家“双高”建设单位。拥有首批全国职业院校养老服务类示范专业点、首批全国职业院校健康服务类示范专业点、首批国家级职业教育教师教学创新团队、首批国家级示范职教集团。2015年时任中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长张德江，2018年时任国务院副总理刘延东等党和国家领导人先后视察学校，充分肯定了学校的办学水平。